Amputeeritud jäseme kohas tekkiva valu või ebamugavustunde põhjuste kohta on palju teooriaid. «Usutakse, et tunne tekib neuroplastilisusest. Neuronid loovad teiste ajurakkudega uusi ühendusi ning kõrvalekalduvad ühendused põhjustavadki valu,» rääkis Tsao.
Teine põhjus võib olla selles, et lihtsustatult silmadega näeme üht, kuid keha tunneb teist, seletas Tsao. «Kui sulgeme silmad ja liigutame kätt, suudame endiselt aru saada, kuidas see liigub. Sarnaselt toimib see ka siis, kui jäset ei olegi ehk me ei näe seda,» rääkis ta. Valu võib tema sõnul seostuda ka allesjäänud mälestustega jäsemest. «Mõnikord räägivad patsiendid, et tunnevad, kuidas fantoomjäse teeb midagi kindlat, näiteks ei liigu või on kuskile kinni jäänud,» rääkis neuroloog. Patsiendid on veel rääkinud, et tunnevad pigistamist, tuimust, põletavat valu või hoopis elektrilöögi moodi sutsatusi.